別に jQuery Mobile に限った話ではなく、Ajaxでページを更新するような場合に Adsense が上手く表示されないようです。

これは Adsense だけが表示されるページを1つ作って、そのページをiframeで表示すれば回避できます。

スマホ花火ナビでも一部でAjaxを使っていますが、そこでこの方法を使っています。